До складу БУВР середнього Дніпра входять п'ять міжрайонних управлінь водного господарства, які виконують функції управління та контролю в галузі меліорації земель і водного господарства в своїй зоні діяльності.
Ірпінське міжрайонне управління водного господарства, обслуговує Вишгородський, Макарівський, Бородянський, Києво – Святошинський, Фастівський райони. Здійснює управління водними ресурсами в басейнах річок: Здвиж, Ірпінь, Віта, Сіверка. 
Іванківське міжрайонне управління водного господарства, обслуговує Іванківський та Поліський райони. Здійснює управління водними ресурсами в басейнах річок – Уж і Тетерів.
Обухівське міжрайонне управління водного господарства, обслуговує Обухівський, Васильківський, Миронівський, Кагарлицький райони. Здійснює управління водними ресурсами в басейнах річок: Стугна, Росава, Красна, Леглич.
Трубізьке міжрайонне управління водного господарства, обслуговує Баришівський, Броварський, Переяслав-Хмельницький, Згурівський та Яготинський райони. Здійснює управління водними ресурсами в басейнах річок: Трубіж, Супій, Перевод, Гнила Орлиця.
Бортницьке міжрайонне управління водного господарства ім. Гаркуші М.А. обслуговує Бориспільський район.